Katyn est avant tout un film sur la lutte incessante pour la mémoire et la vérité. C'est aussi un règlement de compte sans compromis avec le mensonge qui a forcé la Pologne populaire à oublier ses héros.
Anna, la femme d'un capitaine d'un régiment des Uhlans, attend le retour de son mari. Elle ne peut se résoudre à l'idée qu'il ait été assassiné par les Russes. En avril 1943, l'épouse d'un général apprend la mort de son mari quand les Allemands découvrent l'existence de charniers dans la forêt de Katyn contenant des milliers d'officiers polonais.

Suite à l'assassinat du président John F. Kennedy, le procureur de la Nouvelle Orléans, Jim Garrison remet en cause le rapport du commissaire Warren. Ce dernier avait clôturé l'affaire en trouvant le parfait coupable, Lee Harvey Oswald. Pourtant avant d’être abattu par un tireur isolé, le suspect avait toujours nié sa culpabilité. Pour Garrisson, il est impossible que l’homme ait agi seul. Persuadé qu'un complot se trame, Garrison explore des pistes occultées et comprend vite que la CIA, le FBI et le Pentagone ont joué un rôle déterminant dans cette affaire.