Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d’autres garçons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit. Il n’a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d’étranges rêves à propos d’une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D. En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu’il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver un moyen de s’en échapper.

New-York, 1975. Libéré après 5 années de prison grâce à son avocat véreux, Carlito Brigante, ancienne figure du milieu, rentre chez lui dans le quartier espagnol de Harlem. Il souhaite se réinsérer dans la vie et monter aux Bahamas une affaire honnête avec la femme de sa vie. Mais son passé le rattrape, et ce qui a fait de lui un caïd autrefois risque bien de lui coûter la vie aujourd'hui...