Pour sa première expédition à bord d'une navette spatiale, le docteur Ryan Stone, brillante experte en ingénierie médicale, accompagne l'astronaute chevronné Matt Kowalsky. Mais alors qu'il s'agit apparemment d'une banale sortie dans l'espace, une catastrophe se produit. Lorsque la navette est pulvérisée, Stone et Kowalsky se retrouvent totalement seuls, livrés à eux-mêmes dans l'univers. Le silence assourdissant autour d'eux leur indique qu'ils ont perdu tout contact avec la Terre - et la moindre chance d'être sauvés.

2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l’espace. Il est condamné à mort, mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l’assassiner, s’infiltre dans l’Arcadia, alors qu’Albator décide d’entrer en guerre contre la Coalition Gaia afin de défendre sa planète d’origine, la Terre.