Les Men in Black, ou MIB, font partie d'une organisation ultra-secrète créée afin de réguler la présence sur Terre des extraterrestres. Grâce à leur technologie avancée, ils sont virtuellement inexistants, effaçant la mémoire des témoins gênants. L'agent K, après que son partenaire a décidé de mettre un terme à son activité car il se trouve trop vieux, se cherche un nouveau partenaire, qu'il trouve au sein de la police de New York. Pendant ce temps, une « bestiole » (bug dans la version américaine), sorte de cafard géant, cherche à s'emparer d'une galaxie gardée par le prince arquilien, résidant sur Terre.