Michael Clayton est un ex-policier, dont les talents sont devenus incontournables pour l’un des plus grands cabinets d’affaire de Wall Street. Lui fait partie de la face cachée de la société : il est un agent  de l’ombre, une sorte de détective privé qui arrange les problèmes inavouables du cabinet, s’efforce de désamorcer les situations dangereuses, prépare le terrain et au besoin se salit les mains…Justement, un des ses confères et ami, avocat lui, est chargé de défendre un laboratoire agroalimentaire, U North, attaqué par des fermiers empoisonnés par un engrais que cette société commercialise. Mais l’ami avocat change brusquement de camp et s’allie avec la partie adverse… À Michael de limiter les dégâts et de décider à son tour de quel côté se ranger.