Dans un futur proche, un groupe de scientifiques tente de concevoir le premier ordinateur doté d’une conscience et capable de réfléchir de manière autonome. Ils doivent faire face aux attaques de terroristes anti-technologies qui voient dans ce projet une menace pour l’espèce humaine. Lorsque le scientifique à la tête du projet est assassiné, sa femme se sert de l’avancée de ses travaux pour « transcender » l’esprit de son mari dans le premier super ordinateur de l’histoire. Pouvant désormais contrôler tous les réseaux liés à internet, il devient ainsi quasi omnipotent.

Le leader de la résistance John Connor envoie le sergent Kyle Reese dans le passé pour protéger sa mère, Sarah Connor et préserver l'avenir de l’humanité. Des événements inattendus provoquent une fracture temporelle et Sarah et Kyle se retrouvent dans une nouvelle version du passé. Ils y découvrent un allié inattendu : le Guardian. Ensemble, ils doivent faire face à un nouvel ennemi. La menace a changé de visage.