Il y a 3 000 ans, les plus grands marins du monde voyagèrent dans le vaste océan Pacifique, à la découverte des innombrables îles de l'Océanie. Mais pendant le millénaire qui suivit, ils cessèrent de voyager. Et personne ne sait pourquoi...

Kôichi, jeune écolier en quatrième année de primaire, découvre une pierre bien étrange dans le lit asséché d'une rivière et la rapporte à la maison. Alors qu'il décide de laver ce précieux trophée, un étrange animal en sort. Surprise, c'est un kappa, un esprit de l'eau.
La famille de Kôichi appelle ce kappa Coo et décide d'en prendre soin. Toutefois, la rumeur de la présence de Coo ne tarde pas à se propager et toute la ville ne parle plus que de lui. Coo, inquiet d'ennuyer la famille de Kôichi, décide de partir. L'aventure de Coo à la recherche d'autres kappa commence.