Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier !

Ben, agent de sécurité dans un lycée, tente en vain de prouver qu’il est plus qu’un geek baratineur à James, grand frère protecteur de sa petite amie et flic aux méthodes musclées. Quand Ben est enfin accepté à l’Académie de l’APD (Atlanta Police Department), il demande la bénédiction de James pour épouser Angela, pensant avoir enfin gagné son respect. Sceptique, James le met à l’épreuve pour lui apprendre le métier et voir s'il est digne ou non d’épouser sa soeur. Durant 24 heures il devra patrouiller avec lui dans les rues d’Atlanta.