Dans un immense laboratoire souterrain, ont lieu des recherches ultras secrètes, supervisées par des centaines de scientifiques. Lorsque l'alarme retentit, tout le monde croit à une simple simulation d'évacuation. Mais bientôt, l'horreur les rattrape. Un virus hautement mortel se propage à un rythme effréné dans les couloirs : en quelques minutes, il met fin à toute vie humaine. Au même moment, Alice se réveille dans un somptueux manoir. Ignorant comment elle a pu atterrir là, elle fait la rencontre de Matt, un policier. Avant même qu'ils n'aient pu trouver une explication logique à ces phénomènes étranges, un groupe d'intervention militaire, les S.T.A.R.S, débarque de nulle part et les oblige à les suivre. Ces derniers ont reçu l'ordre d'infiltrer le laboratoire et de neutraliser la Reine Rouge, le super-ordinateur devenu fou que l'on tient pour responsable du désastre.

Ayant divorcé du père de ses enfants et se retrouvant à la rue, Helen Grace revient dans la maison de son enfance, la maison de sa tante Lucinda Spiderwick. Les jumeaux Jared et Simon ainsi que leur sœur Mallory, découvrent leur nouvel environnement avec effarement. Jared, le plus déluré des trois enfants, fait une découverte qui va bouleverser sa vie et celle de sa famille…