Sur une petite île perdue au large de l'Australie, peu après la Première Guerre mondiale, Tom Sherbourne, le gardien du phare, vit heureux avec son épouse Isabel. Loin du tumulte du monde, il peut enfin oublier tout ce qu'il a vécu au combat. Mais leur bonheur se ternit peu à peu : Isabel ne peut pas avoir d'enfant, et elle se désespère. Un jour, un canot vient s'échouer sur la plage, avec à son bord le cadavre d'un homme et un bébé bien vivant...

M.Peabody est la personne la plus intelligente au monde. Il est à la fois lauréat du prix Nobel, champion olympique, grand chef cuisinier... et il se trouve aussi être un chien ! Bien qu’il soit un génie dans tous les domaines, M. Peabody est sur le point de relever son plus grand défi : être père. Pour aider Sherman, son petit garçon adoptif, à se préparer pour l’école, il décide de lui apprendre l’histoire et construit alors une machine à voyager dans le temps.