Japon des années soixante. La jeune Kiki a enfin ses treize ans, âge qui marque l’initiation des jeunes sorcières. Volant dans le ciel sur un ballet avec son petit chat noir, la jeune fille doit s’exiler seule dans une ville de son choix afin d’y développer ses talents. Au terme de ce voyage, elle croise un couple de boulangers qui lui offrent l’opportunité de s’assumer en travaillant comme livreuse volante. La petite sorcière ne tarde pas à créer des liens et à entretenir des relations bienveillantes avec les gens qui ne lui épargnent pas leur gratitude en retour : une vieille dame avec qui elle partage son amour de l’art culinaire, un garçon passionné des transports aériens ou encore une artiste peintre avec qui elle échange ses points de vue sur les rouages de l’apprentissage. Mais après avoir surmonté de rudes épreuves telles que le climat ou la maladie, Kiki doit prouver une dernière fois sa valeur et risquer sa vie pour ses amis avant d’entreprendre le chemin du retour…