Dans le port de Goa en 1943, un navire allemand espionne les navires alliés. Un petit groupe d'hommes habillés en civils sont envoyés à bord du navire afin de détruire le système de transmission.

À Boston, le chef de la mafia irlandaise, Frank Costello, nargue depuis des années la police locale. Pour en finir, son capitaine décide d’infiltrer dans le gang un tout jeune policier issu des bas quartiers de la ville, Billy Costigan. Mais Costello a pris les devants : son protégé, le jeune et brillant policier Colin Sullivan, est entré au sein de l’unité des enquêtes spéciales, qui rêve de mettre fin aux agissements du parrain de la mafia.