La Terre est envahie. L’humanité est en danger. Nos corps restent les mêmes, mais nos esprits sont contrôlés. Melanie Stryder vient d’être capturée. Elle refuse cependant de laisser place à l’être qui tente de la posséder. Quelque part, caché dans le désert, se trouve un homme qu’elle ne peut pas oublier. L’amour pourra-t-il la sauver ?

Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d’autres garçons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit. Il n’a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d’étranges rêves à propos d’une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D. En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu’il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver un moyen de s’en échapper.