Surgies des flots, des hordes de créatures monstrueuses venues d’ailleurs, les «Kaiju», ont déclenché une guerre qui a fait des millions de victimes et épuisé les ressources naturelles de l’humanité pendant des années. Pour les combattre, une arme d’un genre nouveau a été
mise au point : de gigantesques robots, les «Jaegers», contrôlés simultanément par deux pilotes qui communiquent par télépathie grâce à une passerelle neuronale baptisée le «courant». Mais même les Jaegers semblent impuissants face aux redoutables Kaiju.

Les Men in Black, ou MIB, font partie d'une organisation ultra-secrète créée afin de réguler la présence sur Terre des extraterrestres. Grâce à leur technologie avancée, ils sont virtuellement inexistants, effaçant la mémoire des témoins gênants. L'agent K, après que son partenaire a décidé de mettre un terme à son activité car il se trouve trop vieux, se cherche un nouveau partenaire, qu'il trouve au sein de la police de New York.