Les Men in Black, ou MIB, font partie d'une organisation ultra-secrète créée afin de réguler la présence sur Terre des extraterrestres. Grâce à leur technologie avancée, ils sont virtuellement inexistants, effaçant la mémoire des témoins gênants. L'agent K, après que son partenaire a décidé de mettre un terme à son activité car il se trouve trop vieux, se cherche un nouveau partenaire, qu'il trouve au sein de la police de New York.

Arthur Bishop pense avoir définitivement tourné la page sur son passé de tueur à
gages. Il coule maintenant des jours heureux dans l’anonymat avec sa compagne. Mais
lorsque son plus redoutable ennemi enlève celle-ci, il est obligé de parcourir le monde
pour accomplir une liste d’assassinats impossibles. Et comme toujours, il doit faire en
sorte que ses exécutions ressemblent à des accidents. Une course contre la montre
sans relâche s’engage.