Plongeur expert, Frank McGuire se lance dans l’exploration à haut risque des grottes immergées d’Esa’ala, dans le Pacifique Sud. Il emmène avec lui entre autres son fils de dix-sept ans, Josh, et le milliardaire Carl Hurley, qui finance l’expédition. L’équipe s’engage dans le plus vaste, le plus mystérieux et le plus inaccessible des réseaux de grottes du monde. Lorsqu’une tempête tropicale s’abat sur la zone, ils sont obligés de s’enfoncer dans le labyrinthe sous-marin pour lui échapper.

Le film suit Soren, une jeune chouette fascinée par les histoires épiques que lui racontait son père sur les Gardiens de Ga'Hoole, une bande de mythiques guerriers ailés qui avaient mené une grande bataille pour sauver la communauté des chouettes des Sangs Purs.