Antoine Doinel, douze ans est un garçon plutôt potache et turbulent. Il faut dire que son environnement familial n’est pas des plus favorables au travail scolaire, avec cette mère toujours absente et d’une sévérité sans affection et ce père sans autorité qui cherche juste à arrondir les angles à la façon d’un copain. Après plusieurs fugues et délits, les parents d’Antoine, complètement
dépassés par la situation, décident de le placer en maison de correction.

Steve Zissou, explorateur des fonds marins, part pour ce qui semble sa dernière expédition. Il désire tuer un énorme requin-jaguar, qui lui a ravi un membre de son équipe. Parmi les membres de sa nouvelle équipe, Steve Zissou compte sa femme Eleanor, cerveau de l’exploration, Ned Plimpton, qui se pourrait être son fils, et une jeune journaliste, Jane Winslett-Richardson.